LPPOM MUI tidak menerima dana APBN. Karenanya, LPPOM MUI merasa tak perlu melaporkan penggunaan dananya ke pemerintah. LPPOM MUI hanya melaporkannya kepada pimpinan MUI yang selaku pelaksana pemberi sertifikasi halal untuk memberi laporan pertanggungjawaban kepada Menteri Agama. Ini sama saja dengan konsep perusahaan swasta, karena MUI mengelola sendiri keuangannya.