Agus Rahardjo menyebut ada keresahan di internal pegawai terkait independensi, sebab dalam UU KPK versi revisi, pegawai KPK punya loyalitas ganda: ke lembaga dan pemerintah.
Sejumlah hal yang dipermasalahkan dalam UU KPK misalnya tak masuk dalam prolegnas namun seketika terbit, tidak transparan, naskah akademik dinilai gaib, dan tidak partisipatif.