Nusakambangan mulai difungsikan sebagai pulau penjara sejak era pemerintah kolonial Hindia Belanda pada awal abad ke-20. Namanya sudah dikenal dari zaman Amangkurat I.
Rutan Mako Brimob Polri di Kelapa Dua, Depok, Jawa Barat, tak layak menjadi tempat menahan narapidana kejahatan terorisme. Rumah tahanan tersebut awalnya hanya diperuntukkan bagi narapidana anggota kepolisian.