Penyidikan keterlibatan Setya Novanto dalam proyek KTP-elektronik menghasilkan 2.415 lembar laporan. Jaksa menuntutnya 16 tahun penjara dan beberapa hukuman lain.
Jaksa KPK menuntut Setya Novanto mengembalikan uang hasil korupsi e-KTP sebesar 7,435 juta dolar AS. Harta Novanto cukup untuk membayar uang pengganti tersebut.
Menurut Jaksa KPK, Setya Novanto, Jamal Aziz, Chairuman Harahap, Markus Nari, dan Akbar Faisal bersama-sama menekan Miryam S. Haryani agar mencabut keterangannya dalam BAP.
Jaksa KPK menyebutkan puluhan pihak penerima uang korupsi e-KTP saat membacakan tuntutan ke Setya Novanto. Pihak-pihak itu terdiri atas individu dan korporasi.