Penanganan Covid-19 selama PON XX Papua 2021 dijadikan dasar untuk event skala besar. Penanganan dilakukan 3 tahap: pra-acara, saat acara, dan usai acara.
Pulau Jawa dan Bali menjadi penyumbang kasus aktif Covid-19 terbanyak di Indonesia, diikuti Sumatera, Kalimantan, Maluku & Papua, Sulawesi, & Nusa Tenggara.
Peta zonasi risiko COVID-19 pekan ketiga Januari 2021 menunjukkan peningkatan jumlah kabupaten/kota zona merah, terutama di Jawa-Bali. PPKM diperpanjang.