Sejak berdiri di Indonesia dengan pusat di IPB, bergerak di bawah tanah dari 1980-an hingga masa reformasi, barulah pada tahun 2000 hingga sekarang HTI menjadi organisasi yang terbuka dan berkembang relatif cepat. Kini, pemerintahan Jokowi membidiknya sebagai organisasi yang "membahayakan keutuhan NKRI".