Gus Yahya menilai perbedaan pandangan antar kelompok, khususnya terkait Wahabi, merupakan masalah yang perlu dipikirkan supaya tidak menyulut pertentangan.
Pesantren milik Yazid bin Abdul Qodir al-Jawas memiliki pengaruh luas dalam jaringan Salafi di Bogor. Membangun komunikasi dengan sejumlah pendakwah di pelbagai kota di Indonesia.
Paham Wahabisme dari Arab Saudi disebarkan ke seluruh negara muslim termasuk di Indonesia. Mendirikan lembaga pendidikan Islam dan bahasa Arab di Jakarta pada 1980. Mayoritas pelajar adalah penganut Salafi yang menekankan aspek “Islam murni” dan sentimen terhadap tradisi.
Mohammad Siddik dari Dewan Dakwah Islamiyah Indonesia mengelak bahwa organisasinya menyebarkan paham Wahabi, meski sejumlah riset tentang Islam Politik di Indonesia menyatakan sebaliknya.