Boediono merupakan salah satu pihak yang diduga terlibat dalam kasus Century, yang sudah menyeret mantan Deputi Bidang Pengelolaan Moneter dan Devisi Bank Indonesia Budi Mulya.
PN Jaksel enggan berkomentar tentang kemungkinan putusan praperadilan kasus korupsi Bank Century bisa mendorong KPK menetapkan Boediono dan kawan-kawan sebagai tersangka.