Pengaduan terhadap pelanggaran kebebasan beragama dan berkeyakinan yang diterima Komnas HAM meningkat pada 2016. Kasus terbanyak adalah pembatasan, pelarangan, dan perusakan tempat ibadah. Kaum minoritas terbaru yang jadi sasaran adalah Gafatar, hampir 7.000 anggotanya diusir dan ditahan, sebagian lain dipidanakan.