Dana proses sertifikasi halal yang dipungut dan dikelola MUI tak pernah diungkap ke publik. Potensi pemasukan ditaksir bisa mencapai seratusan miliar rupiah per tahun. Namun, MUI merasa tak perlu membeberkan keuangannya meski memungut dana dari publik. Alasannya, banyak lembaga lain yang juga tidak menjabarkan keuangannya.