KPAI turut serta mengawal pelaksanaan PPDB 2019 dengan mendirikan posko pengaduan dari 19 Juni 2019 sampai berakhirnya PPDB di beberapa daerah dan sekolah.
Berdasarkan Peraturan Wali Kota Yogyakarta Nomor 23 Tahun 2019, PPDB di Kota Yogyakarta untuk jenjang SMP negeri dilakukan berdasarkan sistem zonasi dalam kota dan zonasi luar kota.
Mendikbud Muhadjir berkata lembaganya bekerja sama dengan lintas instansi seperti KPK, Cyber Pungli Polri, dan Ombudsman RI untuk mencegah pungutan liar dalam sistem zonasi PPDB.