Mengikuti arus Perang Asia Timur Raya, militer Jepang membadai ke Jawa Tengah lewat Rembang. Kedatangannya sejalan dengan harapan kaum nasionalis Indonesia.
Merasa kekuatan pertahanan militer Jepang di wilayah pendudukan terbilang lemah, Inada Masazumi membentuk giyugun di Sumatra pada 1943 dan bubar tahun 1945.
Profesor Achmad Mochtar, Direktur Eijkman Instituut, dibunuh kempetai. Diduga karena ia menentang hasil penelitian Hideyo Noguchi tentang demam kuning.