Ketimbang bergerilya, Sukarno lebih memilih jadi tawanan Belanda. Ada pihak terutama dari kalangan militer yang menyalahkan keputusan itu, namun ada yang menilai keputusan itu tepat.
Operasi Gagak tentara Belanda berhasil menusuk jantung Republiken dengan menduduki ibukota Yogyakarta sekaligus menangkap para pemimpin Republik pada 19 Desember 1948.