Tarif tol Trans Jawa untuk rute perjalanan langsung dari Jakarta ke Probolinggo ialah Rp727.500. Adapun tarif untuk rute perjalanan Jakarta-Semarang mencapai Rp349.500.
Menteri PPN/Kepala Bappenas Bambang Brodjonegoro mengklaim pembangunan Tol Trans Jawa sebagai sumber pembangunan ekonomi. Hal itu menanggapi BPN yang menyebut tidak memberikan efek positif ke perekonomian.
Yayasan Lembaga Konsumen Indonesia (YLKI) mengklaim tarif yang berlaku di Tol Trans Jawa memang tergolong mahal, sehingga membuatnya jarang dilalui kendaraan.
Penurunan tarif tol Trans Jawa memungkinkan sepanjang pemerintah memberikan insentif, karena badan usaha jalan tol perlu menjaga pengemalian investasi.