Enam rute dari lima maskapai penerbangan dicabut ijinnya oleh Kemenhub pada periode Januari hingga Mei 2016 karena maskapai-maskapai tersebut tidak melaksanakan pelayanan sesuai ketentuan. Pencabutan ijin tersebut meliputi semua frekuensi yang dilayani dalam rute tersebut. Lima maskapai tersebut adalah PT Travel Express (rute Manado-Sorong), PT Tri MG Intra Airlines (Balikpapan-Halim), PT Kalstar Aviation (Balikpapan-Samarinda, Balikpapan-Pontianak), PT Sriwijaya Airlines (Jakarta-Pekanbaru) dan PT Nam Air (Jakarta-Pontianak).