Pemerintah Jepang telah menyiapkan program beasiswa yang dikhususkan kepada mahasiswa-mahasiswi Indonesia guna menempuh studi S-2 dan S-3 di universitas-universitas di Negeri Matahari Terbit. Beasiswa-beasiswa tersebut akan ditujukan untuk penelitian-penelitian di beberapa universitas terkemuka di negara itu.