Bandara Internasional Soekarno-Hatta tidak melayani operasional penerbangan komersial (penumpang umum) yang terjadwal atau tidak terjadwal ke seluruh rute domestik maupun Internasional pada 24 April hingga 1 Juni.
Dishub) Daerah Istimewa Yogyakarta menegaskan tak ada penutupan atau pelarangan perbatasan Yogyakarta, melainkan hanya pemeriksaan ketat terhadap tiap kendaraan yang masuk.
Mulai 24 April 2020, KAI tidak lagi mengoperasikan kereta api jarak jauh dari Jakarta dan Bandung menuju kota-kota di wilayah Jawa Barat, Jawa Tengah, Yogyakarta, dan Jawa Timur.