Peran Kemenag dalam membantu program kesehatan pemerintah dipertanyakan setelah Kemenkes menunda pemberian vaksin MR bagi warga yang mempersoalkan kehalalannya.
Menteri Kesehatan Nila Moeloek mengingatkan bahwa sudah ada fatwa MUI Nomor 4 Tahun 2016 tentang Imunisasi yang menyebutkan bahwa imunisasi diperbolehkan.