Pemikiran dan kiprah Mukti Ali yang paling menonjol adalah mengkampanyekan kerukunan beragama semasa Orde Baru. Ia juga membidani lahirnya jurusan ilmu perbandingan agama di IAIN.
"Jadi ini bisa kita pastikan aman untuk bulan Ramadan dan kita akan nambah terus, targetnya 3 ribu ton perhari. Kemarin sudah mencapai 4.500 sampai 5.000 ton."