Yayasan Lembaga Konsumen Indonesia (YLKI) mengklaim tarif yang berlaku di Tol Trans Jawa memang tergolong mahal, sehingga membuatnya jarang dilalui kendaraan.
Penurunan tarif tol Trans Jawa memungkinkan sepanjang pemerintah memberikan insentif, karena badan usaha jalan tol perlu menjaga pengemalian investasi.
Menteri PUPR Basuki Hadimuljono mengklaim pembangunan Jalan Tol Manado-Bitung sepanjang 39,9 kilometer nantinya bisa mendorong pemerataan hasil pembangunan dan mengurangi biaya logistik produk ekspor dari Manado ke Pelabuhan Internasional Bitung.
Badan Pengatur Jalan Tol sudah menghitung tarif tol agar terjangkau pengguna jalan, jika masih kemahalan, disarankan angkutan logistik lewat laut atau jalur kereta saja.
Ketua Asosiasi Pengusaha Logistik Nasional berharap agar pemerintah bisa memberikan harga khusus untuk tarif angkutan logistik yang melewati Tol Trans Jawa.
Skema insentif untuk BUJT sebagai kompensasi atas pemberlakuan diskon tarif tol Trans Jawa masih dibahas oleh Kementerian PUPR dan Kementerian Keuangan.
Penyebab dinding talut ambrol karena drainase jalan tol Semarang-Batang kurang sempurna menampung air, sehingga saat intentitas hujan tinggi mengakibatkan talut rusak.
Ketentuan tarif diskon lainnya adalah saldo e-toll harus cukup. Sehingga apabila e-toll saldo kurang atau tidak terbaca maka diskon tidak dapat berlaku.
Tarif untuk tujuh ruas baru Tol Trans Jawa mulai diberlakukan pada 21 Januari 2019. Pemberlakuan tarif itu dibarengi diskon 15 persen selama 2 bulan untuk pengguna tol jarak jauh.