Presiden Joko Widodo meminta para menteri terkait investasi dan ekonomi untuk memperbaiki program Tol Laut setelah ditemukan adanya pihak swasta yang menguasai harga barang-barang kebutuhan yang diangkut melalui rute tersebut.
Alokasi anggaran subsidi tol laut pada 2019 menurun 50 persen dibanding 2018. Tahun ini subsidi tol laut dianggarkan Rp222 miliar, atau jauh lebih kecil dari alokasi pada 2018: Rp447,6 miliar.
Sejumlah pengusaha sapi di Nusa Tenggara Timur mengaku lebih memilih menggunakan kapal kargo daripada menggunakan tol laut untuk mengantar dan mengirim sapi-sapinya ke Jakarta dan sekitarnya. Mereka beralasan prosedur kapal kargo lebih mudah dibandingkan tol laut meskipun biaya lebih mahal.