Muktamar 48 Muhammadiyah dan 'Aisyiyah diselenggarakan dalam dua tahapan. Tahap pertama melalui medium daring. Sedangkan tahap kedua digelar secara luring.
"Saya patuh kepada keputusan organisasi, bukan orang-orangnya. Jadi keputusan organisasinya adalah menjaga jarak yang sama [dengan kedua paslon]," tegas Cak Nanto.