Bagaimana SARS-CoV-2 Varian Delta Bisa Muncul di Dunia?

Oleh: Ahmad Zaenudin - 9 Juli 2021
Dibaca Normal 5 menit
Corona dapat bermutasi karena RNA, yang berfungsi menyimpan sifat kepada keturunan, tidak memiliki enzim pengoreksi. Dari sanalah muncul varian Delta.
tirto.id - Tatkala varian SARS-CoV-2 bernama Delta muncul untuk pertama kalinya pada Desember 2020 di Maharashtra, negara bagian India, tidak banyak yang menggubris kedatangannya. Situasi baru berubah saat ia tiba di New Delhi. Di kota yang menggantikan posisi Kolkata sebagai ibu kota negara ini, Delta tiba dengan perangai yang keji.

Delta menginfeksi 300 ribu penduduk setiap harinya sejak akhir April lalu dan membuat lebih dari 400 ribu penduduk, hingga awal Juli kemarin, meregang nyawa.

Varian virus Corona ini tak hanya mengamuk di India. Dimungkinkan oleh interkoneksi yang tinggi antar negara dan kian melemahnya protokol kesehatan, Delta tiba di hampir semua negara di dunia; per 7 Juli lalu telah terdeteksi di lebih dari 100 negara.

Di Inggris, Portugal, Rusia, dan negara-negara Asia, 90 persen total infeksi baru yang terjadi dalam beberapa bulan terakhir disebabkan oleh Delta. Begitu pula di Indonesia. Delta menjadi aktor utama meroketnya infeksi Corona, hingga menyebabkan negara ini duduk di posisi ke-16 paling parah diamuk Corona.

Kai Kupferschmidt, dalam artikel berjudul "Delta Variant Triggers New Phase in the Pandemic" (Science Vol. 372 2021), menjelaskan fenomena tersebut terjadi karena Delta lebih mudah menular dibanding varian lain. Para ilmuwan yang dikutip dalam artikel itu mengatakan 50 persen, bahkan 100 persen dibanding versi asli dari Wuhan.

Kemudian, merujuk studi dari otoritas kesehatan Inggris dan Israel, mengerikannya Delta didukung pula oleh kenyataan bahwa ia lebih kebal terhadap vaksin. Jika satu dosis vaksin dari AstraZeneca atau Pfizer dapat mengurangi risiko Covid-19 varian non-Delta hingga 50 persen, maka persentasenya menurun menjadi 33 persen jika berhadapan dengan Delta. (Sayangnya belum ada studi tentang efektivitas vaksin-vaksin buatan Cina, semisal CoronaVac, dalam menghadapi Delta).

Dengan segala keganasannya ini, pertanyaannya adalah, mengapa varian tersebut tiba-tiba hadir dan merusak harapan tibanya kehidupan normal, usai lebih dari 1,5 tahun dunia melawan pandemi Corona?


Keserampangan RNA, Kehadiran Delta

Pada Desember 2019, Li Wenliang, oftamologis di salah satu rumah sakit di Wuhan, Cina, saat itu berusia 34 tahun, sadar bahwa ada sesuatu yang aneh di tempatnya bekerja. Keanehan itu terdapat pada tujuh pasien yang mengidap penyakit yang sama, yakni pneumonia--dengan gejala demam, batuk-batuk, dan paru-paru yang dipenuhi cairan. Tatkala memeriksa berkas medis lebih mendalam, Li yakin bahwa pneumonia bukanlah penyakit yang mereka derita.

Sang dokter juga menemukan fakta bahwa pasien-pasien tersebut bekerja di tempat yang sama, yakni sebuah pasar seafood di Wuhan.

Ketujuh pasien tersebut, sebagaimana dipaparkan Carl Zimmer dalam bukunya A Planet of Viruses (edisi ketiga, 2020), mengingatkan Li pada wabah Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) yang pernah menimpa Cina pada 2002. Li menyimpulkan apa yang dialami para pasien sangat mungkin merupakan pertanda kemunculan wabah baru.

Kesimpulan ini awalnya hanya ia sebarkan kepada rekan-rekan sesama dokter melalui WeChat pada 30 Desember 2019, namun sebagaimana kisah-kisah klasik tentang media sosial, peringatan itu menyebar pula ke seantero Cina. Seperti Xi Jinping yang tak terima disebut mirip Winnie the Pooh, Pemerintah Cina pun tak sudi dengan peringatan yang diberikan sang dokter. Kepolisian setempat, pada 3 Januari 2020, memaksa Li menandatangani surat yang menyatakan bahwa ia "mengganggu ketertiban masyarakat" karena telah "menyebarkan informasi yang tidak akurat."

Hanya berselang beberapa hari usai surat itu ditandatangani, semua orang dunia tahu bahwa bahwa sang dokter memang berkata jujur. Kita kedatangan wabah baru, yang pada Februari 2020 resmi diberi nama Covid-19.

Meskipun sempat menuduh Li menyebarkan hoaks, otoritas Cina akhirnya mengakui bahwa Covid-19 benar-benar ada. Wuhan, kota pertama kasus ditemukan, ditutup total oleh Beijing sejak 23 Januari 2020.

Sikap tersebut memang patut dipuji, tetapi, sebagaimana dipaparkan Matteo Chinazzi dalam studinya berjudul "The Effect of Travel Restrictions on the Spread of the 2019 Novel Coronavirus (COVID-19) Outbreak" (Science Vol. 368 2020), keterlaluan lambatnya. Bagi Chinazzi, yang melakukan penelitian penyebaran wabah melalui teknik bernama Global Epidemic and Mobility Model (Gleam), lockdown Wuhan hanya berhasil menekan laju penularan Corona hingga 58 persen ke seluruh dunia. Andai Cina lebih sigap menindaklanjuti peringatan dr. Li, Corona sangat mungkin tidak akan terlalu parah menghancurkan dunia.

Untunglah tidak semua pihak selambat pemerintah Cina. Bukan, bukan pemerintah Amerika Serikat, Inggris, apalagi Indonesia yang bertindak lebih gesit dibandingkan Cina. Ilmuwan, garda terdepan untuk memahami Corona, adalah pihak yang terhitung bergerak sangat cepat itu.

Lucy van Dorp, ahli genetik pada Genetic Institute of University College London, Inggris, dalam studi berjudul "Emergence of Genomic Diversity and Recurrent Mutations in SARS-CoV-2" (Journal of Infection, Genetics and Evolution Vol. 83 2020), mengatakan pada 5 Januari 2020, atau dua hari usai dr. Li dipaksa menandatangani surat oleh kepolisian, ilmuwan berhasil memetakan genom (keseluruhan informasi genetik yang dimiliki suatu sel) yang dinamai Wuhan-HU-1.


SARS-CoV-2, nama yang diberikan pada penyebab Covid-19 ini, merupakan anggota keluarga Coronavirus (CoV), sepupu dari virus penyebab wabah SARS dan Middle East Respiratory Syndrome (MERS) yang menjangkiti dunia, khususnya Cina, Korea Selatan, dan Arab Saudi pada 2002 dan 2018 lalu, yakni SARS-CoV-1 dan MERS-COV. Namun, meskipun berhubungan erat, SARS-CoV-2 diyakini bukan merupakan evolusi dari SARS-CoV-1 dan MERS-COV. Ini disimpulkan karena SARS-CoV-2 jauh lebih identik, seidentik 96 persen kemiripan genomnya, dengan BatCoV RaTG13, virus Corona yang beranak pinak di, dan memangsa, kelelawar.

Meskipun identik hingga 96 persen, tidak bisa pula dianggap bahwa SARS-CoV-2 merupakan evolusi dari BatCoV RaTG13 karena itu membutuhkan bukti pendukung. Bukti tersebut hingga kini belum ada, hingga memicu munculnya isu bahwa Covid-19 dibuat di laboratorium.

Daniele Mercatelli, ahli bioteknologi pada University of Bologna, Italia dalam studi berjudul "Geographic and Genomic Distribution of SARS-CoV-2 Mutation" (Journal of Frontiers in Microbiology Vol. 11 2020), mengatakan Corona merupakan makhluk hidup yang tersusun oleh RNA beruntai-tunggal untai-positif (single-stranded positive-strand RNA). Fakta biologis inilah yang menuntun kelahiran varian Delta.

RNA, atau ribonucleic acid (asam ribonukleat), secara sederhana merupakan DNA (deoxyribonucleic acid/asam deoksiribonukleat) versi mungil, turunan molekul asam nukleat yang berfungsi sebagai medium penyimpanan kode genetik, khususnya untuk mewariskan sifat kepada keturunan. RNA tersusun dari empat protein, yakni spike, envelope, membrane, dan nucloecapsid. Mereka bahu-membahu menyusun kode genetik selayaknya kode binari pada komputer. Andai '01100001' pada binari menghasilkan 'a' (kecil) di layar komputer, misalnya, maka kode 'CUU' yang termuat dalam RNA akan memerintahkan organisme untuk menambah leusina (salah satu asam amino yang berperan dalam pembentukan otot) pada keturunannya.

SAR-CoV-2, si biang keladi work from home (WFH) ini, memiliki RNA sepanjang 29.903 asam amino (atau dapat dianalogikan sebagai 'baris kode' dalam dunia komputer).

Salah satu pembeda utama RNA dengan DNA adalah tidak adanya enzim yang bekerja untuk melakukan proofreading (pengoreksi). Andai pun ada, enzim pengoreksi pada RNA terlalu lemah, tak sehebat milik DNA. Bagi makhluk hidup yang tersusun oleh DNA, dan karenanya memiliki enzim pengoreksi (bernama polymerases), tatkala ia berkembang biak, keturunannya akan memiliki kode genetik yang identik (atau tidak jauh berbeda) dengan induknya, yang terjadi karena polymerases melakukan proses pengecekan kode genetik yang diturunkan. RNA, yang tidak memiliki (atau memiliki tetapi enzimnya lemah), tidak dapat melakukan pengecekan ini. Maka, tatkala makhluk yang tersusun dari RNA berkembang biak, mutasi--perubahan kode genetik pada keturunannya--sangat mungkin terjadi.

Kemungkinan terjadinya mutasi pada makhluk hidup yang disusun oleh RNA adalah 10 pangkat -6 hingga 10 pangkat -4. Artinya, di setiap satu juta virus SARS-CoV-2 yang baru lahir, satu hingga 100 di antaranya memiliki kode genetik yang tak serupa dengan induknya. Berdasarkan analisis terhadap 48.637 genom SARS-CoV-2 yang diperoleh dari Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) pada pertengahan 2020 lalu dan membandingkannya dengan Wuhan-HU-1, Mercatelli menemukan tujuh mutasi genetik.

Dorp, di waktu yang hampir bersamaan, menemukan 198 mutasi SARS-CoV-2. Sementara Elmira Mohammadi, ahli fisiologi pada Applied Physiology Research Center, Isfaham University of Medical Sciences, Iran, dalam studi yang baru saja keluar berjudul "Novel and Emerging Mutations of SARS-CoV-2: Biomedical Implications" (Jornal of Biomedicine & Pharmacotherapy Vol. 139 2021), menemukan 353.341 mutasi pada ribuan sampel genom SARS-CoV-2 dari seluruh dunia.


Besarnya kemungkinan mutasi pada makhluk hidup yang tersusun melalui RNA seperti Corona memang terlihat menakutkan. Namun, sebagaimana dipaparkan Esteban Domino dalam "RNA Virus Mutations and Fitness for Survival" (Annual Review of Microbiology Vol. 51 1997), mutasi sebetulnya sangat mungkin merugikan--bahkan memungkinkan terjadinya kepunahan. Sebabnya sama seperti mengapa mutasi sering terjadi pada makhluk RNA, yakni ketiadaan enzim pengecekan. Karena ketiadaan enzim ini, makhluk RNA tidak memiliki kemampuan mengidentifikasi apakah perubahan genom yang dikandungnya baik untuk dirinya atau tidak. Maka, andai genom yang terbentuk karena mutasi buruk, makhluk RNA yang baru lahir sangat mungkin tidak dapat beradaptasi dengan lingkungan.

Tak ketinggalan, dengan ketiadaan proofreading, sangat mungkin keturunan yang dihasilkan cacat dan mati seketika. Tentu, keserampangan makhluk RNA menduplikasi dirinya dapat pula melahirkan keturunan yang lebih ganas.

Dalam kasus SARS-CoV-2, dari 353.341 mutasi seperti yang diperkirakan Mohammadi, hanya enam yang akhirnya menciptakan varian yang cukup mengkhawatirkan, yakni SARS-CoV-2 202012/01 (Alpha) yang muncul di Inggris, SARS-CoV-2 20 H/501Y.V2 (Beta) yang muncul di Afrika Selatan, SARS-CoV-2 P.1 (Gamma) yang muncul di Brazil, SARS-CoV-2 B.1.617.2 (Delta) yang muncul di India, SARS-CoV-2 P3 yang muncul di Jepang, SARS-CoV-2 B.1.526 (Iota) yang muncul di Amerika Serikat, dan SARS-CoV-2 B.1.617.1 (Kappa) yang muncul di Inggris.

Dengan kemunculan varian-varian yang mengkhawatirkan ini, mimpi kehidupan normal nampaknya semakin jauh untuk jadi kenyataan.

Baca juga artikel terkait MUTASI COVID-19 atau tulisan menarik lainnya Ahmad Zaenudin
(tirto.id - Teknologi)

Penulis: Ahmad Zaenudin
Editor: Rio Apinino
DarkLight